“十四五”期间，学校加强有组织科研，实现科学研究和自主创新的显著提升。成立类器官研究院、生物医学工程研究院、医工交叉研究院、异种器官移植研究院等新型研究机构，国家卫生健康委员会毒品依赖和戒治重点实验室立项建设通过验收，新获批省级重点实验室5个。连续主办腾冲科学家论坛·生命科学与大健康分论坛。在国家重点研发计划项目、国家原创探索计划项目、重点研发计划青年科学家项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金区域创新发展联合基金重点支持项目、国家自然科学基金原创探索计划专项项目、国家社科基金后期资助项目、教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目上取得历史性突破。国家自然科学基金项目立项数五年累计526项，创历史新高，稳居全省第3位。年均发表高质量论文1000余篇，获云南省科学技术一等奖6项。组建科技成果转化中心，成立昆医大精准医学科技研究院有限公司等实体科技企业。
承担国家级科研项目能力不断提升。“十四五”期间，学校坚持“四个面向”科技方针，成立类器官研究院、生物医学工程研究院、医工交叉研究院、异种器官移植研究院等新型研究机构，聚焦生物医药和卫生健康重点研发领域和前沿技术，实施有组织的重大科技项目和重大科技成果培育计划，实现国家重点研发计划项目、国家自然科学基金原创探索计划项目、国家重点研发计划青年科学家项目历史性突破。国家自然科学基金项目立项数量显著增长，五年共获批526项（含重点项目1项，区域创新发展联合基金重点支持项目1项），较“十三五”时期的429项增长22.14%，位居省内高校排名第三位，超额完成“十四五”规划目标。云南省教育厅科学研究基金项目立项实现跨越式增长，总数达1103项，立项经费1825万元，较“十三五”增长93.8%，形成良好的项目培育基础和青年科研人员活跃度。学校紧密围绕“医学+人文社科”的特色学科发展方向，推动医学与管理学、社会学、民族学、法学、教育学等社会科学深度融合，累计组织申报省级以上社科科研项目1500余项，五年共获国家社科基金年度项目4项、教育部人文社会科学研究项目4项、云南省哲学社会科学规划项目74项，实现教育部人文社会科学研究重大攻关项目的历史性突破。
重大科技成果培育取得显著成效。“十四五”期间，学校出台《bat365在线平台“十四五”推动科技创新高质量发展的若干措施》《bat365在线平台高质量科技成果奖励办法（试行）》等制度文件，强化基础研究与关键技术攻关。科研团队年均发表高质量论文1000余篇，在CTM期刊、The Lancet、Cancer Cell、JAMA、Nature Medicine、Science Translational Medicine、JAMA Pediatrics、Advanced Science、Science Advances等国际顶级期刊发表文章，在Web of Science有77篇论文进入高被引行列。学校作为第一完成单位，获云南省科学技术进步奖一等奖6项、二等奖9项、三等奖33项，自然科学奖二等奖1项、三等奖3项；获云南省卫生科技成果奖一等奖4项、二等奖10项、三等奖36项。
科技创新平台建设成果丰硕。“十四五”期间，学校获批立项、通过验收各级科研平台49个，其中国家卫生健康委员会毒品依赖和戒治重点实验室立项建设通过验收，获批省级重点实验室5个，数量从“十三五”的6个增至11个，增幅达66.7%，学校在基础研究领域的支撑性力量得到进一步巩固。加强部委、省级重点实验室申报与立项建设，连续主办腾冲科学家论坛·生命科学与大健康分论坛，高水平科学研究体系基本建成，为突破国家级科技创新平台奠定了坚实基础。学校还获得云南省面向南亚东南亚科技创新中心专项（云南省国际联合创新平台）——国际联合实验室和国际联合研发中心，研发技术向南亚东南亚推广。
科技成果转化平台与服务能力明显提升。成立科技成果转化中心，全面提升技术成果转化专业服务水平，获首批“云南省技术转移示范机构”，出台《bat365在线平台科技成果转化管理规定》《bat365在线平台知识产权管理办法》等制度，为科技成果转化提供组织和制度保障。“十四五”期间，学校共申请发明专利775项、其他专利898项、国际专利23项；获得发明专利授权290项、其他专利授权1938项、国际专利授权18项。完成专利转让115项，转让金额达166万元；首次发布“开放许可专利清单”53项，并首次以5项专利作价600万元入股成立“云南昆医大精准医学科技研究院有限公司”，并挂牌“昆医大精准医学研究院德宏分院、临沧分院、楚雄分院、丽江分院、普洱分院等，直接合作客户50余家，被列入省级新型研发机构培育对象。公共卫生学院依托2个省级重点实验室，开展HIV基因分型、耐药检测研究，获云南省科技进步奖一等奖1项，研发的病原体检测技术推广至海关、林科院等单位。持续开展云南省产业导师选聘工作，“十四五”末，共选聘产业导师6人。学校逐步构建起“高校+平台+企业”的科技成果全链条转化体系，有效推动科技创新与产业融合。
